Отличная сборка, сочная комбо для Full HD!

Отвечаю по пунктам:
1.
Отключать встроенную графику не обязательно — большинство современных материнок сами переключаются на дискретку, если она стоит. Но, если хочешь чуть ускорить загрузку системы и убрать лишние
сообщения при старте (“Press F1 to continue” и т.д.), можно вручную выставить приоритет PCIe в графических настройках BIOS (что-то типа “Primary Display: PEG/PCIe”). Полностью отключать iGPU смысла нет, только если она реально мешает.
2.
Встроенная графика практически не тормозит загрузку. Но если обе графики активны, иногда материнка чуть дольше “думает”, к какому GPU подцеплять монитор — особенно, если кабели воткнуты и туда, и туда. Критических тормозов не будет.
3.
Польза есть, если хочешь использовать оба выхода для 2 мониторов. Например, можно один раздать от RTX 3060, второй — от HDMI/DVI на материнке (работает, если в BIOS включить “IGD Multi-Monitor” или подобное — у MSI оно так и называется). Это удобно, если на видюхе мало портов или хочется разделить рабочие пространства (например, основной для игр, второй — для чатов/видосов). В этом случае отключать iGPU не нужно.
И ещё — если вдруг будет конфликт драйверов или странные глюки (очень редко, но бывает), тогда уже отключение iGPU может помочь. Но большинство юзеров спокойно юзают оба адаптера.
В итоге: если всё работает — не парься, оставляй как есть. Если нужен чисто 1 монитор — для порядка можно вручную указать приоритет дискретки в BIOS. А для мультимониторных сетапов iGPU даже полезна.
Жёсткий совет: не забывай обновлять чипсет-драйверы и BIOS — B550 иногда капризничает на старых версиях.
А что у тебя по мониторам и планам? Какой сценарий хочешь реализовать?